Il y a fort longtemps, un Héro reconnu par les divinités pokémon s’unit à un Légendaire possédant des pouvoirs magnifiquement grands et puissants, capable de mener à la fin du monde. Les deux associés étaient en quête de Réalité et ils finirent par créer la région d’Unys, où pokemon et humains vécurent en parfaite harmonie. Ceci est une légende racontée depuis des temps anciens. Libre aux habitants d’y croire ou non. Mais cette légende… Ne serait-elle pas adoucie ?

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A la recherche du Pokémon Légendaire, N parcours au même rythme que Touko la plupart de la région d’Unys, pendant que la Team Plasma répand partout en la région les dires poignants de « l’esclavagisme » des pokémons.